В ДНК бактерий выявили «разметку»

Учеными из НИЯУ МИФИ и ФИЦ Биотехнологии РАН разработан математический алгоритм, способный точно обнаруживать повторяющиеся элементы в геномах. Новый подход был протестирован на девяти видах бактерий, и во всех геномах выявлены неизвестные ранее повторы, что образуют «разметку» в геноме микроорганизмов.

Как сообщает издание International Journal of Molecular Sciences, алгоритм поможет в выявлении новых генетических мишеней для роста эффективности бактериальных штаммов либо для создания новых антибиотиков.

В геномах многоклеточных организмов есть повторяющиеся последовательности нуклеотидов, из которых состоит ДНК. Для поиска в геномах подобных повторов уже есть разные математические алгоритмы. Но их накапливается много, и задача серьезно усложняется.

Российские ученые предложили новый способ поиска повторяющихся последовательностей. Он по принципу схож с поиском математической матрицы, состоящей из столбцов и строк.

Авторы протестировали алгоритм на геномах девяти видов бактерий. Впервые были выявлены у кишечной палочки три семейства повторов длиной 400–600 пар нуклеотидов. У других бактерий удалось найти по одному-два семейства столь же крупных (400–600 пар нуклеотидов) повторов.

Разметку в геномах бактерий ученые образно сравнили с километровыми столбами на дороге. Что открывает большие перспективы для создания новых полезных для человека микроорганизмов.